自魔法成为现实技术已过去约一个世纪，国立魔法大学附属第一高校迎来了一对特殊的兄妹。哥哥司波达也因拥有致命缺陷而被视为“劣等生”，妹妹司波深雪则是完美无缺的“优等生”。两人共同度过的学生生活充满了接连不断的动荡与挑战，从未有过片刻安宁。
回顾过往，他们曾遭遇政治结社《布伦希尔德》的袭击，以及九校战期间香港国际犯罪集团“无头龙”的介入。大亚联合军入侵横滨的危机、能附身人类并使其变质的魔物“寄生体”的出现，都让局势愈发紧张。此外，USNA 军魔法师部队“星”的总队长安洁莉娜·库都·希尔兹的造访，更为这段波澜壮阔的一年画上了浓墨重彩的句号。
时光流转，升入二年级的兄妹俩迎来了生活的新变化。被四叶家派遣而来的樱井水波开始与达也等人同居，为他们的日常增添了新的变量。与此同时，达也转入了新设立的魔法工学科，简称“魔工科”，即将在新的领域展开全新的征程。
在这个魔法与科技交织的世界里，达也与深雪将继续面对未知的威胁与复杂的家族宿命。随着身边人物的增加和环境的变迁，原本就错综复杂的局势将更加扑朔迷离。这对兄妹如何在激流中守护彼此，并揭开隐藏在表象之下的真相，成为了故事新的焦点。
