公元 2202 年，距离宇宙战舰大和号完成前往伊斯坎达尔的壮烈航行并回归地球，已过去三年时光。在“宇宙恢复系统”的神奇作用下，地球重现了昔日的蔚蓝生机，并与卡米拉斯帝国正式缔结了和平条约。然而，表面的复兴之下暗流涌动，为了强化防卫能力，包含最新锐战舰“安德洛墨达”在内的新舰队整备工作正在紧锣密鼓地推进。
曾经伊斯坎达尔女王丝塔夏所期盼的和平愿景似乎已成泡影，地球政府反而一步步踏上了扩军备战的道路。这不禁让人深思：在经历了无可替代的巨大牺牲后，大和号船员们用鲜血换来的，真的是真正的和平吗？面对这一严峻质问，渴望宇宙安宁的女神特蕾莎发出祈愿，再次将大和号召唤至新的航海征程之中。
与此同时，一股名为加特兰蒂斯的强大威胁正席卷宇宙深处，其锋芒直指地球，危机迫在眉睫。承载着爱与信念的战士们必须重新集结，驾驶着大和号驶向未知的星海，去探寻和平的真谛并守护人类的未来。在这场关乎存亡的新战斗中，旧日的羁绊与新的挑战交织，谱写出一曲波澜壮阔的宇宙史诗。
